Źródła do dziejów diecezji dosyć często podają wiadomość, że niektóre świątynie z racji znajdujących się tam obrazów otaczanych szczególnym kultem wiernych przyciągają wielu wiernych i to nawet z dalszej odległości. Teraz takie miejsca szczególnych pielgrzymek wiernych nazywane są sanktuariami. Z diecezją włocławską, także tą w historycznych granicach, związane są liczne miejsca pielgrzymkowe.
W granicach diecezji kujawsko-kaliskiej znajdowało się największe sanktuarium narodowe, jakim jest Częstochowa, z tamtejszym klasztorem jasnogórskim i obrazem Matki Boskiej Częstochowskiej. Biskupi włocławscy byli opiekunami tego miejsca i to w czasach najtrudniejszych, bo w czasie niewoli narodowej. Kiedy miejsce to zostało dotknięte ręka świętokradczą, która zerwała korony z cudownego wizerunku, nie licząc innych precjozów, a papież Pius X od siebie ofiarował Matce Bożej nowe korony, koronatorem został nie kto inny, jak biskup włocławski, Stanisław Zdzitowiecki.
Drugim sanktuarium, które obecnie także znalazło się poza granicami diecezji, jest sanktuarium św. Józefa w Kaliszu. Tamtejszy obraz Świętej Rodziny ukoronowany został w 1796 r. Diecezja włocławska obrała św. Józefa, jako swojego patrona. Nabożeństwo do tego świętego rozpropagowali szczególnie kapłani więźniowie z Dachau, którzy swoje ocalenie przypisują Jego wstawiennictwu. Zainteresowanie tym patronem jeszcze wzrosło po świętokradczej kradzieży koron i wot z cudownego obrazy Świętej Rodziny w Kaliszu, co stało się w nocy z 2 na 3 października 1983 r. Diecezja przygotowała uroczystości rekoronacji obrazu. Uroczystości ponownej koronacji obrazu Świętej Rodziny połączone zostały z IV Międzynarodowym Kongresem Józefologicznym, który odbył się w Kaliszu w dniach. 22-29 maja 1985 r.
Na sanktuarium o sławie światowej wyrasta Licheń, gdzie cześć odbiera Matka Boża, zwana Bolesną Królową Polski. Od ponad 150 lat obraz ten jest otoczony czcią wiernych. Uznaniem tego stała się koronacja obrazu koronami papieskimi, jaka została dokonana w 1967 r. Od tego czasu miejsce to, którego opiekunami od czasów powojennych są księża marianie, staje się celem tak licznych pielgrzymek, że dorównuje ono bez mała Jasnej Górze.
Ponadto w diecezji włocławskiej jest kilka obrazów Matki Bożej, które zostały koronowane. Najpierw należy wymienić Charłupię Małą, gdzie cześć odbiera ta, którą lud miejscowy nazywa Księżną Sieradzką. Koronacja tego obrazu odbyła się w 1937 r. Niedaleko Konina znajdują się Kawnice, gdzie tamtejszy obraz Matki Bożej Pocieszenia ukoronowano w 1974 r.
Starożytnością swoją przewyższa prawie wszystkie inne obraz Matki Boskiej z Brdowa, zwany Matką Bożą Zwycięską. Dawną tradycję podającą, że był to obraz, który król Władysław Jagiełło miał ze sobą pod Grunwaldem, zdają się potwierdzać nowsze badania nad nim. Ten obraz, od wieków znajdujący się w Brdowie, gdzie dawniej już byli paulini i powrócili w latach powojennych, został ukoronowany przez Ojca Świętego Jana Pawła II w 1983 r. Na Kujawach zaś, w 1986 r., miała miejsce koronacja obrazu Matki Bożej w Ostrowąsie.
Ponadto diecezja włocławska jest dosyć bogata w obrazy otoczone szczególna czcią wiernych, w oczach wiernych uważane za cudowne, a w języku liturgicznym nazywane łaskami słynącymi. W głównej mierze są to miejsca kultu Matki Bożej, takie jak Bieniszew czy Błenna. W Galewie natomiast jest sanktuarium Przemienienia Pańskiego, a Uniejów uchodzi za szczególne miejsce kultu Błogosławionego Bogumiła.
