W działalności diecezji wielką rolę odgrywały niegdyś kapituły. Na pierwszym miejscu szły kapituły katedralne. Biskupi sprawowali rządy przy pomocy duchowieństwa niższego, które, zebrane przy jego osobie, przekształciło się w korporację, rządzącą się statutami, posiadającą odpowiednie uposażenie oraz prawa i obowiązki w diecezji. Stanowiła ona jakby senat biskupi, którego w pewnych sprawach biskup musiał się radzić, a nawet niekiedy uzyskać jego zgodę. Ponadto dawniej, gdy z pewnych powodów biskup nie mógł sprawować rządów, gdy umierał lub przenosił się na inną stolicę biskupią, kapituła przejmowała rządy w diecezji, wybierając spośród swojego grona wikariusza kapitulnego, zwanego administratorem, który zarządzał diecezją do czasu przyjścia nowego ordynariusza. Kapituła miała w pewnych okresach bezpośredni lub pośredni udział w wyborze nowego biskupa i ona wprowadzała w urząd prekonizowanego przez papieża elekta. Ponadto członkowie kapituły byli odpowiedzialni za sprawowaną w katedrze służbę Bożą. Osobiście lub przez swoich zastępców, czyli wikariuszy, odprawiali nabożeństwa w katedrze.
Przy większych ośrodkach kościelnych powstawały kapituły kolegiackie, które nie mając wprawdzie udziału w rządach diecezją, podnosiły splendor kultu Bożego sprawowanego w kościele.
1. Kapituła św. Wita w Kruszwicy
Najdłużej świadczyły o dawnym znaczeniu Kruszwicy dwa kolegia kapituł kruszwickich. Pierwsza i starsza to kapituła św. Wita. Pierwotnie była kapitułą katedralną, spełniającą przy biskupach kruszwickich ówczesnym prawem kościelnym przepisane obowiązki.
Kiedy katedrę przeniesiono do nowego kościoła, nie dokonano równocześnie przeniesienia tam także kapituły, ale utworzono tam nową, możliwie iż częściowo z benedyktynów, dla których przecież ta świątynia była wzniesiona. Grono kapituły św. Wita zeszło wówczas do rangi kapituły kolegiackiej. Podstawą dalszego jej istnienia było niezłe uposażenie członków, tym bardziej, że i sam kościół kolegiacki został odbudowany.
Przetrwała ta kolegiata do czasów Władysława Jagiełły, który, jako kolator, nie odbudował podupadającego kościoła kolegiackiego, ale w 1428 r., kapitułę przeniósł do królewskiego miasta Nieszawy. Później jednak, po zniszczeniu Nieszawy, były próby osadzenia kapituły przy kościele w Brześciu Kujawskim. Ostatecznie jednak kapituła ta przestała istnieć, a jej uposażenie włączono częściowo do kapituły kruszwickiej św. Piotra i Pawła, a częściowo do kapituły włocławskiej.
2. Kapituła św. Piotra i Pawła w Kruszwicy
Kiedy w prawa katedry kruszwickiej wszedł nowy kościół, także i przy nim powstało grono duchownych; powstała z nich druga kapituła, która teraz stała się kapitułą katedralną. Kapituła, która od swojej świątyni przybrała imię świętych Piotra i Pawła, przez długi czas, nawet po przeniesieniu diecezji do Włocławka, miała szereg uprawnień w stosunku do diecezji włocławskiej. Chociaż zeszła do roli kapituły kolegiackiej, to jako jedna z nielicznych spośród kapituł tej rangi, szczyciła się tytułem "prześwietnej". Istniejąc do dziś, stanowi, wraz ze swoim kościołem kolegiackim dowód znaczenia tego miasta i jedyną pamiątkę po dawnej diecezji kruszwickiej.
3. Kapituła katedralna we Włocławku
W diecezji tamtych czasów kapituła katedralna odgrywała dużą rolę. W naszym przypadku, w początkowych dziejach diecezji z siedzibą we Włocławku, mamy do czynienia właściwie z dwiema kapitułami, mającymi jednakowe prawa. Chodzi więc najpierw o kapitułę św. Piotra i Pawła w Kruszwicy. Jest uzasadnione domniemanie, że po zmianach w 1123 r. biskupi, teraz już formalnie zobowiązani do nazywania się włocławskimi, jeszcze przez czas pewien rezydowali w Kruszwicy. Dlatego we Włocławku nie została powołana od razu nowa kapituła włocławska, ponieważ biskupi mieli w dalszym ciągu grono duchowieństwa przy dawnej katedrze kruszwickiej, które początkowo pełniło tę rolę przy biskupie włocławskim. Nowsze badania przypisują utworzenie kapituły włocławskiej biskupowi Wernerowi wkrótce po 1148 r. Uważa się bowiem, że on pierwszy osiadł już we Włocławku, poczuwszy się pewnie po uzyskaniu od Stolicy Apostolskiej bulli protekcyjnej w 1148 r. Ciekawy jest dalszy wzajemny stosunek tych dwóch kapituł. To pewne, że kapituła kruszwicka, po powołaniu kapituły katedralnej we Włocławku, musiała zejść do rangi kolegiackiej. Należy jednak uświadomić sobie, ze niektórzy członkowie kapituły z Kruszwicy znaleźli się także w gronie prałatów i kanoników włocławskich. Ta młoda kapituła włocławska korzystała też z doświadczeń starej kapituły kruszwickiej. Co więcej, długo jeszcze przedstawiciele kapituły kruszwickiej występowali nawet przed członkami kapituły włocławskiej. Nawet uposażenie tej starej kapituły pozostało bardzo duże, niekiedy wyższe niż niektórych prebend włocławskich. Wprawdzie później w diecezji pozostała kapitułą kolegiacką tylko, ale zajmowała zawsze pierwszą pozycje wśród tych kapituł w Polsce.
Chociaż kapituła włocławska zaliczana jest słusznie do najstarszych polskich kapituł, to jednak od początku otrzymała ustrój nowszy, wzorowany na kapitułach zachodnich. Nie było więc tu okresu, kiedy była wspólnota majątkowa biskupa i kapituły, ale od początku była ona właścicielem dóbr własnych. Podobnie, gdy chodzi o wewnętrzną organizację kapituły, nie było w niej okresu przejścia od życia wspólnego (vita comunis) do samodzielności poszczególnych urzędów i prebend.
Już z XII w. posiadamy wiadomości o poszczególnych prałatach kapituły włocławskiej. Natomiast najstarszy wykaz trzech prałatów i pięciu kanoników pochodzi z 1215 r., zaś pełną liczbę prałatów posiadamy z 1227 r. Liczba kanoników też prawdopodobnie szybko się ustaliła, chociaż brak dokumentów z przełomu XII i XIII w. Pełen skład kapituły znany jest zatem ze stosunkowo późnego okresu. W 1326 r. kanoników było 19. Z biegiem czasu, w następstwie zmniejszających się dochodów kapituły, malała liczba kanoników. W 1803 r. biskup Józef Ignacy Rybiński ograniczył stan kapituły do czterech prałatów i dziewięciu kanoników. Wykonawca bulli Ex imposita nobis postanowił, że kapituła będzie składała się z czterech prałatów i ośmiu kanoników. Po powstaniu styczniowym rząd zaborczy, zabierając pozostałe jeszcze przy kapitule uposażenie i wyznaczając jej członkom pensje, ograniczył jednocześnie liczbę kanoników do czterech, którym wypłacano pensje, i czterech nadliczbowych, bez pensji. Ta liczba członków kapituły przetrwała do dzisiaj.
Kapituła włocławska stawiała kandydatom do niej wysokie wymagania. Najpierw osobiste kwalifikacje, a więc wyższe święcenia, chociaż aż do 1577 r. zdarzały się wypadki, że nawet stanowiska prałackie zajmowali duchowni niższych świeceń. Wcześnie też, bo już na początku XV w., w 1421 r., kapituła włocławska uzyskała, dzięki wstawiennictwu Władysława Jagiełły, od papieża Marcina V przywilej, że kandydaci do kapituły musieli mieć pochodzenie szlacheckie, a jeżeli byliby innego stanu, powinni posiadać doktorat. Ostatecznie ustalił się zwyczaj, że w kapitule mogło zasiadać dwóch doktorów teologii, dwóch prawa i jeden medycyny. Przepis ograniczający dostęp do kapituły plebejuszom obowiązywał do 1822 r., kiedy to papież Pius VII zniósł ten dyskryminujący niższe stany przepis. Jej członkowie brali udział w posiedzeniach Trybunału Głównego Krajowego. Ponieważ należeli do niej zazwyczaj ludzie wybitni, przylgnęło do niej określenie - najuczeńsza kapituła w Polsce. Kapituła katedralna Włocławska, pilnie strzegąc wszelkich dokumentów i akt odnoszących się do diecezji, szczególnym pietyzmem otaczała te, które jej dotyczyły. Oprócz więc gromadzenia dyplomów, wcześnie zaprowadziła zwyczaj wpisywania wszelkich akt swojej działalności. Stąd powstał pokaźny zbiór akt jej działalności. Wprawdzie najstarsza z zachowanych ksiąg rozpoczyna się wpisami z 1435 r., ale już wcześniej był zwyczaj spisywania metryki kapituły. Ta najstarsza księga prawdopodobnie została zabrana lub zniszczona w 1431 r. przez Krzyżaków. Wszystkie akta wytworzone przez kapitułę włocławską omówił w pracy o niej ks. Stanisław Librowski. Ponieważ kapituła była gospodarzem katedry, dlatego wśród jej akt znajdują się także inwentarze zakrystii i skarbca katedry oraz akta niższych kolegiów duchowieństwa katedralnego, a więc wikariuszy, mansjonarzy i psałterzystów. Zespół akt kapituły włocławskiej jest jednym z największych i najważniejszych w Archiwum Diecezjalnym we Włocławku.
4. Kapituła kolegiacka św. Michała w Gdańsku
Jest co najmniej dziwnym, że bardzo ludne miasto, jakim był Gdańsk, nie posiadało własnej kapituły. Jest to tym dziwniejsze, że były próby utworzenia tam nawet odrębnej diecezji. Jednak długo nie było dowodów, że w Gdańsku istniało kolegium duchowieństwa zorganizowanego na sposób kapituły, chociaż wiadomym było, że już w XV w. było tam pięć parafii. Żadne miasto w diecezji kujawsko-pomorskiej, do której Gdańsk należał, nie mogło nawet marzyć, aby dorównaniu mu pod tym względem.
Jednak uważne wczytanie się w nieliczne wprawdzie dokumenty z XIII wieku pozwoliło stwierdzić istnienie w 1227 r. niejakiego Gorfryda, kanonika na zamku gdańskim, przy którym istniała kaplica grodowa św. Michała Archanioła. Jest to najważniejsze źródło potwierdzające sugestię, że Gdańsk powinien posiadać swoją kolegiatę, już chociażby z uwagi, że od dawna występował archidiakon pomorski, który na swoim terytorium powinien posiadać własną stallę prałacką, a ta powinna znajdować się w Gdańsku.
Ks. Stanisław Librowski, opowiadając się jednoznacznie za istnieniem tej kapituły, przyjmuje, że mogła ona powstać już z fundacji Władysława Hernana, chociaż nie wyklucza, że równie dobrze Bolesław Krzywousty, jak i Bolesław Kędzierzawy, mogli się przyczynić do jej powstania. Z miejscowych zaś książąt fundatorem mógł być jedynie książę Świętopełk I Wielki, chociaż z zachowanych źródeł wynikałoby, że za niego już kapituła była wystarczająco uformowana.
Żywot tej kapituły był jednak krótki i od połowy XIII w. zaczęła ona upadać. Możliwe, iż biskupom z Włocławka, którzy od przyjścia na ten teren Krzyżaków musieli dbać o całość swojej diecezji, nie zależało zbytnio na utrzymaniu tej kapituły, która mogła przecież hołdować zamysłom separatystycznym.
Cokolwiek jednak by powiedzieć o tej kapitule, to jest pewne, że w wieku XII i XIII archidiakoni pomorscy diecezji włocławskiej zasiadali w tej kapitule, aby potem mieć prałatury w innych kapitułach, a ostatecznie w kapitule katedralnej włocławskiej, jako siódmą, ostatnią stallę prałacką. Ciekawe, że tradycja nie przekazała żadnego śladu po tej kapitule.
5. Kapituła w Wolborzu
Już pod koniec XI w. kasztelania wolborska stała się z nadania Władysława Hermana własnością biskupów włocławskich. Co więcej, dogodne położenie Wolborza sprawiło, że wielu biskupów tam obrało sobie miejsce stałej rezydencji, chociaż pod względem kościelnym do 1764 r. Wolbórz z okolicą należał do archidiecezji gnieźnieńskiej. Z pewnością pragnieniem biskupów mieszkających w Wolborzu było dodanie splendoru kościołowi wolborskiemu. Zapewne czyniąc zadość tym oczekiwaniom, w 1538 r. arcybiskup Jan Latalski wyniósł ten kościół do rangi prepozytury, zaś jego następca, Piotr Gamrat, w 1544 r. uczynił z niej kapitułę kolegiacką, co zatwierdził w 1546 r. papież Paweł III.
Wolbórz i okolice zostały włączone kanonicznie do diecezji włocławskiej w 1764 r. drogą zamiany za Bydgoszcz i 10 parafii granicznych na Kujawach. Część tych parafii dekanatu została utracona w następstwie nowych podziałów diecezji w 1818 r., kapituła zaś kolegiacka została zniesiona w 1819 r.
Po zmianie granic w 1818 r. na terenie diecezji kujawsko-kaliskiej znalazły się kapituły kolegiackie historycznej archidiecezji gnieźnieńskiej w Kaliszu, Łasku, Sieradzu, Wieluniu, Choczu i Uniejowie. Z nich pozostała jedynie kapituła kolegiacka w Kaliszu, ponieważ pozostałe zostały zniesione dekretem wykonawcy bulli Ex imposita Nobis arcybiskupa warszawskiego Franciszka Malczewskiego.
