Ilością zakonów i gęstością sieci klasztorów diecezja włocławska nie dorównuje innym diecezjom, zwłaszcza w południowej części Polski, gdzie tych instytucji kościelnych było znacznie więcej. Jednakże i tu, od zarania dziejów, można obserwować osiedlanie się rodzin zakonnych, ich działalność, a nawet powstawanie zakonów rodzimych.
Kiedy powstawała diecezja, czy ta w Kruszwicy, czy ta we Włocławku, zakonem, który wówczas był w największym rozkwicie, byli benedyktyni. W pierwszej stolicy diecezji na Kujawach, w Kruszwicy, benedyktyni osiedlili się co najmniej w XI wieku i dla nich fundowano kościół romański, który po zniszczeniu kościoła katedralnego Św. Wita został katedrą, a zakonnicy benedyktyńscy stali się pewnie trzonem utworzonej tam nowej kapituły katedralnej. Jak załatwiono to od strony prawnej, nie wiemy.
Również we Włocławku znajdowali się benedyktyni. Do nich należał kościół Św. Jana, fundacji monarszej, przekazany im w 1065 r. Świątynia ta, która w 1315 r. przeszła w ręce duchowieństwa diecezjalnego, była pierwszym kościołem parafialnym dla miasta. Na sąsiadującym z Włocławkiem, przeciwległym brzegu Wisły, teraz nazywanym Szpetalem, znajdował się przytułek dla ubogich i kościół Św. Gotarda, którym także przez czas pewien w wieku XI opiekowali się benedyktyni, zanim w XIII w. zostało tu założone opactwo cysterskie, które jednak w połowie XIV w. przestało istnieć.
Kazimierz Biskupi jest tym miejscem, gdzie po męczeństwie pierwszych Męczenników Polaków, a następnie wykradzeniu ich relikwii z Gniezna do Pragi, najprawdopodobniej jeszcze za Kazimierza Odnowiciela, ocaleni zakonnicy z Międzyrzecza, pod opieka księcia, zbudowali pod Koninem nowy klasztor, a miejscowość, możliwe iż z wdzięczności dla księcia, a zapewne i fundatora, nazwano Kazimierz.
Z benedyktyńskiej rodziny zakonnej wyłonili się cystersi. Posiadali na terenie historycznej diecezji włocławskiej kilka placówek. We wspomnianym wyżej Szpetalu oraz w Oliwie, Pelplinie i Koronowie. Obecnie nie ma w diecezji żadnego klasztoru tej reguły. Nie ma także żadnego klasztoru dominikańskiego. Przybyło natomiast nieco nowych zakonów.
W końcowym okresie Polski niepodległej, w 1753 r., na terenie diecezji znajdowały się następujące zakony i klasztory: W archidiakonacie włocławskim: w Brześciu - dominikanie, w Lubrańcu - kanonicy regularni, we Włocławku - franciszkanie reformaci, w Brdowie - paulini, w Radziejowie i Nieszawie - franciszkanie konwentualni, w Zakrzewie - karmelici. Na terenie archidiakonatu kruszwickiego byli: w Strzelnie - norbertanki; w Gniewkowie, Inowrocławiu i Łabiszynie - franciszkanie reformaci, w Bydgoszczy - jezuici, karmelici, bernardyni, klaryski, w Koronowie - cystersi.
Natomiast na terenie archidiakonatu pomorskiego: w Gdańsku - dominikanie, karmelici, brygidki, w Stolcembergu i Wejherowie - franciszkanie reformaci, w Oliwie i Pelplinie - cystersi, w Żukowie - norbertanki, w Żarnowcu - benedyktynki, w Kartuzach - kartuzi, w Nowem - bernardyni.
Nowe granice diecezji po 1818 r. przyniosły diecezji nowe klasztory i rodziny zakonne. Wprawdzie wiele z klasztorów zostało zamkniętych z powodu błędnego stanowiska arcybiskupa wprowadzającego w życie bullę Ex imposita Nobis, ale i tak pozostało ich jeszcze wiele. Na ich czoło wybija się klasztor paulinów w Częstochowie oraz kameduli mający swój erem w Bieniszewie.
Życie zakonne w diecezji kujawsko-kaliskiej zostało poważnie zniszczone w następstwie represji po powstaniu styczniowym, gdy w 1864 r. władze carskie dokonały kasaty zakonów.
Kiedy kończył się okres niewoli narodowej i Polska odzyskała niepodległość, wiele zespołów klasztornych świeciło pustkami, a świątyniami opiekowało się, w miarę swoich możliwości, duchowieństwo diecezjalne. Okazało się, że nie wszystkie zakony, które ocalały głównie w Galicji, miały wystarczającą liczbę zakonników, aby obsadzić opuszczone placówki. Stąd władza diecezjalna chętnie godziła się na objęcie tych zespołów klasztornych przez nowe zgromadzenia zakonne, powstałe głównie w XIX wieku. Tak więc w diecezji znaleźli się salezjanie, obejmując puste klasztory w Lądzie i Lutomiersku; misjonarze Świętej Rodziny, osiedlając się w Kazimierzu Biskupim. Ponadto na terenie diecezji osiedlili się orioniści w Zduńskiej Woli i Włocławku oraz po drugiej wojnie światowej księża marianie, którzy wzięli w opiekę parafię Licheń, z tamtejszym sanktuarium. O żywotności życia zakonnego może świadczyć, że na terenie obecnej diecezji włocławskiej swoje seminaria duchowne posiadają salezjanie w Lądzie, orioniści w Zduńskiej Woli i misjonarze Świętej Rodziny w Kazimierzu Biskupim. Ponadto jest wiele żeńskich zgromadzeń zakonnych, spośród których najliczniej reprezentowane jest rodzime Zgromadzenie Sióstr Wspólnej Pracy, założone przez sługę Bożego biskupa Wojciecha Owczarka.
Spośród zakonów kontemplacyjnych wymienić należy kamedułów w Bieniszewie, kamedułki w Złoczewie, karmelitanki we Włocławku (Michelinie), bernardynki w Warcie.
Z wyjątkiem zakonów kontemplacyjnych wszystkie inne wspomagają duchowieństwo diecezjalne w pracy duszpasterskiej.
