Urodził się 8 lipca 1945 roku w Witkowie, (powiat Lipno, parafia Zaduszniki, diecezja włocławska) jako przedostatni z dziesięciorga dzieci. Jego - już nieżyjący - rodzice prowadzili 7-hektarowe gospodarstwo rolne.
Szkołę podstawową ukończył w 1959 roku w Witkowie. Początkowo jego szkołą średnią było Niższe Seminarium Duchowne we Włocławku, a po zamknięciu tej szkoły w 1961 roku kontynuował naukę w Liceum Ogólnokształcącym im. R. Traugutta w Lipnie. Tam w 1963 roku uzyskał świadectwo dojrzałości.
W tym samym roku wstąpił do Wyższego Seminarium Duchownego we Włocławku. Studiował tam w latach 1963-1969. W dniu 19 czerwca 1969 roku, w katedrze włocławskiej, został wyświęcony na kapłana przez ówczesnego administratora apostolskiego diecezji włocławskiej Jana Zarębę. Przez rok (1969-1970) pracował jako wikariusz w par. Wszystkich Świętych w Sieradzu. W latach 1970-1979 przebywał na studiach specjalistycznych na Papieskim Uniwersytecie Gregoriańskim w Rzymie. Zdobył tam, na podstawie pracy "Katecheza i teologia wiary w odnowionej liturgii rzymskiej chrztu dorosłych", doktorat z zakresu sakramentologii. Po powrocie do kraju, przez dwa lata (1979-1981) pracował jako notariusz Kurii Diecezjalnej i kapelan biskupa Jana Zaręby. W latach 1981-1983 pełnił funkcję ojca duchownego we włocławskim seminarium duchownym, a przez następne dziewięć lat (1983-1992) wicerektora tegoż seminarium. Od połowy 1992 roku do chwili nominacji sprawował urząd kanclerza Kurii Diecezjalnej we Włocławku.
W 1992 roku został odznaczony godnością kapelana Jego Świątobliwości. W dniu 11 grudnia 1999 roku Ojciec Święty Jan Paweł II mianował go biskupem pomocniczym diecezji włocławskiej.
Za hasło swojej posługi przyjął zwrot "Veritas in caritate" - "Prawda w miłości". Herb biskupi przedstawia na czerwonym tle biały krzyż w owalu z kłosów pszenicznych. Symbolika ta nawiązuje do Hostii Eucharystycznej, związku Ofiary Krzyża i Eucharystii, a jednocześnie do wiejskiego rodowodu biskupa i do jego specjalizacji teologicznej sakramentologii.
Święcenia biskupie przyjął 6 stycznia 2000 roku w katedrze włocławskiej. Głównym szafarzem jego święceń był Bronisław Dembowski, biskup włocławski, a współszafarzami - metropolita gnieźnieński abp Henryk Muszyński i biskup pomocniczy włocławski Roman Andrzejewski. Od 8 stycznia 2000 roku jest wikariuszem generalnym diecezji włocławskiej.
Ojciec Święty Franciszek w dniu 8 lipca 2020 r. przyjął rezygnację ks. bp. Stanisława Gębickiego z pełnienia posługi biskupa pomocniczego diecezji włocławskiej.
