Przez długi czas sądzono, że istniejący do dziś kościół kolegiacki Św. Piotra i Pawła w Kruszwicy służył jako pierwotna katedra tak wtedy, gdy biskupi rezydowali w Kruszwicy, jak i wówczas, gdy już Włocławek stał się stolicą diecezji, do czasu wybudowania tu katedry. Potem stała się ta świątynia kolegiatą. Wprawdzie już Długosz pisał o dwóch kolegiatach w Kruszwicy, ale uważano to za pomyłkę tego dziejopisarza. Jednakże ostatnie badania archeologiczne w Kruszwicy i nowe źródła historyczne pozwoliły ustalić ponad wszelką wątpliwość, ze pierwszą katedrą w Kruszwicy był kościół Św. Wita, stojący nieopodal zamku. Już samo jego wezwanie nasuwa przypuszczenie, że był fundacji Mieczysława I, zapewne z poręki księżnej Dąbrówki, której ten święty był bliski, ponieważ katedra praska nosiła to wezwanie. Prawo patronatu nad tą świątynią, należące do monarchy, to przypuszczenie potwierdza. Prawdopodobnie pierwszy ten kościół był drewniany, a nowy murowany mógł wystawić Mieczysław II około 1027 r. Tak więc najstarszym wydaje się być grodowy kościół pod wezwaniem św. Wita i była to pierwsza siedziba biskupa, po utworzeniu tu diecezji. Przy pierwszej katedrze kruszwickiej było grono duchowieństwa, które dało początek kapitule kruszwickiej.
Pierwsza katedra kruszwicka uległa zagładzie najprawdopodobniej podczas wojny domowej za Władysława Hermana. Dało to okazję do przeniesienia katedry do nowego kościoła w Kruszwicy. Był to chronologicznie drugi kościół kruszwicki, obecnie jeszcze istniejący, pod wezwaniem św. Piotra i Pawła, powstały według niektórych na początku XI w. z fundacji króla Mieczysława II, pierwotnie dany zakonnikom benedyktynom, ale później przeznaczony na katedrę. Owi zakonnicy benedyktyńscy mogli stanowić zalążek nowej kapituły katedralnej. Świątynia ta pozostała katedralną jeszcze przez pewien czas, gdy diecezja otrzymała nową stolicę we Włocławku. Tradycja zaś przechowała przez wieki pamięć, że obecna kolegiata kruszwicka to dawna katedra.
Są wątpliwości, gdzie była pierwsza katedra we Włocławku. Zdaniem ks. Michała Morawskiego, pierwszą katedrą był przerobiony nieco drewniany kościół Św. Jerzego, stojący niedaleko zamku włocławskiego, chociaż niektórzy chcieliby widzieć kościół Św. Jana jako pełniący tę rolę.
Właściwą katedrę, pod wezwaniem Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny, zawdzięczał Włocławek biskupowi Michałowi Godziembie, który zbudował świątynię murowaną z bloków kamiennych, ale z drewnianym stropem, która służyła diecezji do czasów spalenia jej przez Krzyżaków w 1329 r.
Po spaleniu katedry jej rolę pełnił, przez pewien czas, wzniesiony w 1331 r. przez biskupa Macieja Gołańczewskiego niewielki kościółek pod wezwaniem św. Witalisa. Tenże jednak biskup czekał stosownej chwili, aby odbudować katedrę. Mógł do tego dzieła przystąpić dopiero w 1340 r., poświęcając kamień węgielny pod nią dnia 25 marca. Jednakże nową katedrę zlokalizowano w znacznym oddaleniu od rzeki Wisły, na miejscu znacznie wyższym. Pierwszy jej budowniczy zdołał wybudować tylko prezbiterium, piękne w swoich proporcjach. Dalej kontynuował budowę bratanek i następca Macieja, Zbylut Golańczewski, jednak odstąpiono od pierwotnych planów i nawa główna nie dorównuje pięknu prezbiterium. Katedra została konsekrowana w 1411 r. Wiele razy poprawiana i powiększona przez dobudowanie wieńca kaplic, katedra ta służy diecezji do dzisiaj.
Wprawdzie w okresie diecezji kujawsko-kaliskiej były zakusy przeniesienia katedry do Kalisza, co znaczyłoby zdegradowanie katedralnej świątyni we Włocławku do rangi kolegiaty, ale plany te nie zostały zrealizowane.
